Puerto Villamil es una pequeña villa y puerto situada en el borde sureste de la Isla Isabela, en las Islas Galápagos, Ecuador. De las 2.200 personas que viven en Isabela, la mayoría vive en Puerto Villamil.
El puerto, con frecuencia está lleno de barcos de vela, ya que Villamil es una parada popular para los yates privados que se dirigían a las Islas Marquesas, ya que es la ciudad más occidental de las Islas Galápagos.